通化铁路运输法院现设有5个内设机构，分别是立案庭、综合审判庭、执行局、综合办公室、政治部，按照党章设置机关党委，司法警察大队为直属机构。

（一）立案庭（诉讼服务中心）

主要负责由本院受理的各类案件登记立案和审查立案工作；办理立案管辖权争议案件；负责诉前调解或立案调解，开展诉调对接工作；接待处理对涉诉、涉执案件的来信和来访，审查处理本院已结诉讼、执行案件的信访；办理上级法院督办和人大代表关注的涉诉、涉执行信访案件；负责司法救助申请工作；负责对外委托鉴定、评估等司法技术辅助工作；负责审判管理、司法统计相关工作；研究审判工作中的法律政策问题，总结审判工作经验；统筹规划智慧法院建设；承担审判委员会和专业法官会议的事务管理工作。

（二）综合审判庭

主要负责审理法律规定的由基层铁路运输法院管辖的第一审刑事、民事案件；审理上级法院指定管辖、发回重审案件；审理依照国家赔偿有关规定提起的国家赔偿案件；审理依照审判监督程序提起的再审案件。

（三）执行局

主要负责执行本院已经发生法律效力的判决、裁定及法律法规规定由基层铁路法院执行的其他生效法律文书。

（四）政治部

主要负责本院在编干警及聘用制文员的管理工作，负责干部招录、任免、晋升、交流、培养工作；负责法官及审判辅助人员等级管理工作；负责本院机构编制、人事档案管理工作；负责本院目标责任制考核工作;负责本院干警工资核定、福利申报、考勤管理工作；负责本院退休干部管理；负责管理本院舆情防控、新闻宣传、官方媒体管理工作；负责表彰奖励、教育培训工作。

（五）综合办公室（司法警察大队）

主要负责协助院领导组织、协调、处理司法政务和司法事务，办理党组会、院务会、院长办公会等会议；负责起草院机关重要文件、院长讲话等文稿；督办全院重大事项和人大代表关注案件；负责本院公章、印信管理、文秘、机要、保密、接待、诉讼费管理及财务装备、工资发放工作；负责院志编纂、档案室、图书室、通讯、后勤、卫生、车辆和食堂管理工作；负责本院基础设施建设、固定资产、办公用品的管理；负责司法警察警务工作，警卫法庭、押解人犯、协助送达有关法律文书；配合有关案件执行工作；负责本院辅警及临时工作人员管理工作；负责本院机关的四防安全和安全保卫工作；负责院领导交办的其他工作。

机关党总支

主要负责机关党务工作和共青团、机关工会工作。负责监督全院党风廉政责任制的落实情况，监督本院工作人员执行国家法律、法规、政策和行政纪律情况；受理本院干警违法违纪行为的检举、控告及查处、申诉。